- Fue inaugurado como recinto penal el 1 de febrero de 1895, siendo el gobernador de Yucatán Carlos Peón. Al cambio de gobierno, se construyó el primer muro circular y quince piezas del departamento de administración con corredor.
- El mismo año de su inauguración, fueron trasladados a la penitenciaría "Juárez" 133 presidiarios que anteriormente se encontraban en la cárcel de la ex ciudadela de "San Benito".
- En 1906, la cárcel fue reformada de acuerdo con el modelo Penitenciario del Porfiriato, cuyo objetivo era conseguir reformar a aquellos que habían faltado a las normas de convivencia.
- Se dice que el 6 de septiembre de 1979 tres presos se amotinaron, armados con pistolas, granadas y dinamita y tomaron como rehenes a 23 personas que se encontraban en los juzgados. El motín solo se resolvió con la llegada del titular de la Dirección Federal de Seguridad Miguel Nazar Haro e intimidación psicológica.
- Funcionó como penitenciaría hasta el 27 de agosto de 1981, cuando los reos fueron trasladados al Centro de Readaptación Social (Cereso). Mientras funcionó como cárcel, acumuló cientos historias, como la estadía de Felipe Carrillo Puerto antes de ser ejecutado.
- Actualmente alberga el foro alternativo Rubén Chacón y el Centro Cultural del Instituto de Seguridad Social de los Trabajadores del Estado de Yucatán (Isstey), donde se presentan obras de teatro y diferentes actividades.
